Δύσκολες στιγμές φαίνεται ότι πέρασε ο Jon Schaffer κατά τη διάρκεια της φυλάκισής του για τα γεγονότα στο Καπιτώλιο στις 6 Ιανουαρίου.
Ο Schaffer, ο οποίος κρατούνταν σε «διοικητικό διαχωρισμό», εξαιτίας του high-profile status του, παρότι δεν είχε επαφή με άλλους κρατούμενους, ο δικηγόρος του υποστηρίζει ότι πέρασε δύο μήνες κόλασης, αφού δεχόταν απειλές για τη ζωή του από συγκρατούμενους, ενώ του πετούσαν περιττώματά και ούρα, απειλώντας τον συνεχώς.
Τον Απρίλιο, ο Schaffer δήλωσε ότι είναι ένοχος για τον ρόλο του στις αναταραχές του Καπιτωλίου και ως μέρος της συμφωνίας για την παραδοχή του, συμφώνησε να συνεργαστεί με την κυβέρνηση, η οποία τον έχει στο πρόγραμμα προστασίας μαρτύρων.
